Cikal bakal Sekolah Lurah® tidak lepas dari keberadaan Dukuh Institute sebagai embrio lahirnya sekolah lurah. Dukuh Institute sendiri diinisiasi oleh Jurusan Arsitektur, Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan Universitas Islam Indonesia pada tahun 2013 akhir. Dukuh Institute (DI) adalah ruang diskusi strategis dan sinerjis serta pumpunan rencana tindak antar petaruh pengembangan perdesaan dan wilayah desa-kota. Program utama yang dilakukan adalah pendampingan dan layanan konsultasi pengembangan kawasan perdesaan atau wilayah desa-kota. Cakupan ruang “berkespresi” Dukuh Institute tersebut kemudian diperluas bidang, jejaring, & kewenangannya melalui sebuah lembaga yang ditahbiskan sebagai Sekolah Lurah® untuk layanan yang lebih luas, mandiri dan berkelanjutan. dengan kedudukan sebagai knowledge center di Universitas Islam Indonesia siap melayani bagi pengembangan wilayah desa-kota di Indonesia.

Pada tahun 2014, Sekolah Lurah® bersama Jurusan Perencanaan Wilayah dan Kawasan, Universitas Brawijaya, Malang mengadakan Lokakarya Perencanaan Desa Lestari di desa wisata Pentingsari, Sleman Yogyakarta. Untuk membantu para kepala desa/lurah dan perangkat desa merencanakan dan mengembangkan wilayahnya. Pada tahun 2014 juga diselenggarakan Sekolah Lurah® yang diikuti 22 desa/kelurahan dalam 2 angkatan, yang masing-masing bekerja sama dengan Yayasan Damandiri, Jakarta dan Housing Resource Center, Yogyakarta.

Berdasarkan pemetaan dan evaluasi program pengembangan perdesaan di D.I. Yogyakarta dan Jawa Tengah tahun 2015, diluncurkan program unggulan Sekolah Lurah®: Ashabul Coffee, pendampingan desa-desa yang mempunyai produk unggulan buah kopi untuk dapat mandiri dan berdaya dalam proses perkopian dari hulu sampai hilir, pengembangan proses biji kopi sampai pemberdayaan warung-warung kopi vernakular; Tempeh Nation, pendampingan desa-desa sentra industri tempe untuk dapat berdikari dan kreatif untuk mengembangkan proses, produk dan pemasaran yang integratif; Bambooland Indonesia, suatu platform bagi desa-desa yang mempunyai sumber daya rumpun bambu dan sumber daya perajin untuk inovatif, berkelanjutan da bertanggungjawab terhadap alam; United Symbols of Batik, pendampingan kawasan perdesaan yang mempunyai kekayaan kerajinan batik untuk dapat berkarya secara merdeka, bernilai ekonomis tinggi dan lestari.  

Untuk mengejawantahkan pendampingan hulu-hilir pengembangan desa, tahun 2016 Sekolah Lurah® berhasil mendapatkan hibah Australia Awards in Indonesia dari Pemerintah Australia melalui skema Alumni Grant Scheme (AGS) pada program unggulan Bambooland Indonesia. Program ini bekerja sama dengan Jurusan Arsitektur Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya ke dengan mengusung tema Bambooland Social Enterprise: Maximizing the Role of Rural Communities towards Sustainable Economic Creative dengan menggandeng warga masyarakat dan pemerintah desa Purwobinangun, Pakem, Sleman.

Pada tahun 2016 pula, Sekolah Lurah® turut membantu pembuatan prodil desa/kelurahan 100 desa terpilih di Kabupaten Purworejo, Jawa Tengah dan ikut serta menyelenggarakan Perencanaan Penataan Kawasan Keistimewaan Partisipatif bekerjasama dengan Bappeda D.I. Yogyakarta pada kawasan Menoreh – Kabupaten Kulon Progo, kawasan Merapi – Kabupaten Sleman dan kawasan Sokoliman – Kabupaten Gunung Kidul. Pada tahun 2016 (November-Desember), juga diselenggarakan Workshop  on R-Urban Initiative (WRUI) dengan tema Adopting an R-Urban model: empowering local communities to develop sustainable built environments in developing countries berkerjasama dengan University of Notingham, UK dan disponsori oleh British Council, Indonesia

Atas serangkaian pencapaian-pencapaian tersebut diatas, Sekolah Lurah® mendapatkan kepercayaan dari Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi (Kemenristekdikti) untuk mengelola Hibah Pengabdian kepada Masyarakat tahun jamak (2016-2018) dalam skema Ipteks bagi Inovasi dan Kewirausahaan Kampus (Ib-IKK) tahun 2016 dengan tema Sekolah Lurah: R-Urban Development approach in Indonesia, Ipteks bagi Kewirausahaan dan Inovasi Kampus (Ib-KIK) tahun 2017, dan Program Pengembangan Usaha Produk Intelektual Kampus (PPUPIK) tahun 2018.