Cikal bakal Sekolah Lurah tidak lepas dari keberadaan Dukuh Institute sebagai embrio lahirnya sekolah lurah. Dukuh Institute sendiri diinisiasi oleh Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan Universitas Islam Indonesia pada tahun 2013 akhir. Dukuh Institute (DI) adalah ruang diskusi strategis dan sinerjis serta pumpunan rencana tindak antar petaruh pengembangan perdesaan dan wilayah desa-kota. Program utama yang dilakukan adalah pendampingan dan layanan konsultasi pengembangan kawasan perdesaan atau wilayah desa-kota. Cakupan ruang “berkespresi” Dukuh Institute tersebut kemudian diperluas bidang, jejaring, & kewenangannya melalui sebuah lembaga yang ditasbihkan sebagai Sekolah Lurah.

Pada tahun 2014, bersama Jurusan Perencanaan Wilayah dan Kawasan, Universitas Brawijaya, Malang mengadakan Lokakarya Perencanaan Desa Lestari di desa wisata Pentingsari, Sleman Yogyakarta. Untuk membantu para kepala desa/lurah dan perangkat desa merencanakan dan mengembangkan wilayahnya, pada tahun 2014 diselenggarakan Sekolah Lurah yang diikuti 22 desa/kelurahan dalam 2 angkatan bekerja sama dengan Yayasan Damandiri, Jakarta dan Housing Resource Center, Yogyakarta.

Berdasarkan pemetaan dan evaluasi program pengembangan perdesaan di D.I. Yogyakarta dan Jawa Tengah tahun 2015, diluncurkan sub program: Ashabul Coffee, pendampingan desa-desa yang mempunyai produk unggulan buah kopi untuk dapat mandiri dan berdaya dalam proses perkopian dari hulu sampai hilir; Tempeh Nation, pendampingan desa-desa sentra industry tempe untuk dapat berdikari dan kreatif untuk mengembangkan proses, produk dan pemasaran yang integratif; Bambooland, suatu platform bagi desa-desa yang mempunyai sumber daya rumpun bambu dan sumber daya perajin untuk inovatif, berkelanjutan da bertanggungjawab terhadap alam; United Symbols of Batik, pendampingan kawasan perdesaan yang mempunyai kekayaan kerajinan batik untuk dapat berkarya secara merdeka, bernilai ekonomis tinggi dan lestari.  

Pada tahun 2016, Sekolah Lurah turut membantu pembuatan prodil desa/kelurahan 100 desa terpilih di Kabupaten Purworejo, Jawa Tengah dan ikut serta menyelenggarakan Perencanaan Penataan Kawasan Keistimewaan Partisipatif bekerjasama dengan Bappeda D.I. Yogyakarta pada kawasan Menoreh – Kabupaten Kulon Progo, Merapi – Kabupaten Sleman dan Sokoliman – Kabupaten Gunung Kidul. Pada tahun 2016, juga diselenggarakan workshop Adopting an R-Urban model: empowering local communities to develop sustainable built environments in developing countries berkerjasama dengan University of Notingham, UK dan British Council, Indonesia.